Spre sfârșitul secolului al XVI-lea, Mănăstirea Cerna se bucura de un prestigiu deosebit, lucru dovedit de faptul că doi dintre stareții ei, Spiridon și Ioan, supranumit Cemeanul, au ajuns ulterior vlădici: primul la Vad, iar cel de-al doilea la Alba Iulia. Așezământul monahal dispunea și de o valoroasă bibliotecă de manuscrise, administrată, la un moment dat, de un călugăr erudit pe nume Mitrofan, semn al unei vieți culturale și spirituale intense.
Legătura mănăstirii cu Prislopul pare să fi fost una strânsă, sugerată de existența unei căi de circulație directe între cele două așezăminte, cale marcată până astăzi prin toponimele zonei. Destinul Mănăstirii Cerna a fost însă curmat probabil înainte de anul 1650, în contextul persecuțiilor exercitate de stăpânii calvini ai locului. Pentru o perioadă, bunurile sale imobiliare au fost preluate de Mănăstirea Prislop, care le revendica oficial în anul 1749. Nu este exclus ca viața monahală să fi continuat, într-o formă mai modestă, prin chilii izolate, ridicate în apropierea vechiului amplasament, dar deja pe teritoriul comunei Răchitova.
Urmele materiale ale mănăstirii, păstrate până astăzi, sunt puține, dar grăitoare. Cercetările arheologice indică existența unei biserici de piatră, legată cu mortar, din care s-au conservat doar fundațiile navei, cu dimensiuni de aproximativ 10 pe 6 metri. Altarul a fost complet distrus, făcând imposibilă orice încadrare stilistică precisă.
La nord de biserică a fost descoperită o construcție din lemn, dispusă oblic, așezată pe tălpi de piatră fără mortar, cu dimensiuni de aproximativ 7,5 pe 4,5 metri. Clădirea era dotată cu o sobă de cahle, decorate cu motive florale și geometrice, ceea ce sugerează că aici a funcționat stăreția mănăstirii. Din celelalte anexe au rămas doar urme vagi ale unor construcții de lemn, răspândite spre est și vest, într-un perimetru care nu depășește 70 pe 60 de metri.
O clădire mai importantă pare să fi existat la circa 20 de metri sud-est de biserică, ridicată pe fundații de piatră și cu elevații din lemn, ale cărei dimensiuni nu mai pot fi astăzi determinate.
Toate aceste vestigii, modeste dar încărcate de semnificație, vorbesc despre o mănăstire care, deși dispărută fizic, continuă să trăiască în memoria locului și în istoria spirituală a zonei.
În urma dispariției mănăstirii a rămas o scriere în limba latină: O Mors Quam amara est memoria Tua. Hic jaget generosus Dom. Sigismund Csermenyi de Reketye-Falva obiit die 2 Ianuarii anno 1693 vitae suae 63, ceea ce tradus înseamnă O Moarte Cât de amară este amintirea Ta, Aici zace nobilul Dom. Sigismund Csermenyi de Răchitova a murit în 2 ianuarie 1693 în al 63-lea an de viață.